Cuando los malos modales de Beethoven llegan a hartar a los Newton, los niños le apuntan en secreto a una escuela de adiestramiento. Sin embargo, durante un paseo por el parque, Beethoven da rienda suelta, a su estilo, a una especie de versión canina del cuento del Príncipe y el Mendigo: se escapa y acaba confundiéndose con Michelangelo, un perro perfectamente amaestrado que es idéntico a él. Y así, mientras los newton no acaban de dar crédito a lo obediente que se ha vuelto su perro, el verdadero Beethoven se dedica a hacer estragos en el hogar de la acaudalada y estirada familia Sedgwick.

El protagonista de esta historia se llama Clemens, un simpático chimpancé superdotado que está siendo entrenado en un laboratorio para convertirlo en un nuevo superagente, pero en realidad los fines de esta malvada organización son muy distintos: le están entrenando para apoderarse del mundo. Clemens, ayudado por un exagente de la CIA, escapa del laboratorio y juntos se enrolan en una increíble aventura con un nuevo amigo, Michael, un niño al que ayudarán a recuperar la fe en sí mismo gracias al poder de la amistad.