En un mundo compuesto por dos realidades, lo cotidiano y lo oculto tras ella, Thomas Anderson se ve obligado de nuevo a ir tras el conejo blanco. Dicha elección continúa siendo la vía de acceso a Matrix, que esta vez es más poderosa e intrincada que en ocasiones anteriores.

Claire Goldstein es una talentosa pianista pero, la misma semana en que ninguno de sus amigos pasan un gran certamen, incluyendo a su novio Jeremy, éste rompe con ella. Un terremoto en San Francisco daña su apartamento, por lo que tiene que ir a vivir con sus padres. Su hermana está a punto de casarse, su madre está en el ocultismo y su padre está perdiendo el trabajo. Claire está obsesionada con Jeremy, a pesar de que sus amigas le aconsejan sobre como interesar a otros hombres (“muéstrate misteriosa, como la Mona Lisa”) y la llevan a fiestas. Bennett, su maestro, le sigue consiguiendo audiciones pero ella las rechaza. Entonces conoce a Eddie. ¿Será Eddie la clave para que Claire vuelva a sentirse bien?

Claire Kubik es una dinámica abogada de éxito, casada con un contratista, Tom Kubik. Ambos viven en la idílica Marin County, y están muy enamorados, tanto que piensa en ampliar la familia. Una noche, unos ladrones entran en su casa, y a partir de ese momento se suceden una serie de extraños hechos que romperán su vida en pedazos. Poco después del robo, les abordan unos agentes del FBI, y arrestan a Tom en plena calle ante la mirada de Claire. Le acusan de haber asesinado a sangre fría, bajo su verdadero nombre, Ronald Chapman, y su verdadera identidad, militar de operaciones especiales, a nueve civiles en El Salvador en el transcurso de una operación.

Sigue las aventuras de Speed Racer, un corredor nato, nacido para pilotar. Es un piloto agresivo y, sobre todo, temerario. Su única competencia es el recuerdo de su hermano, el que fue su ídolo, el legendario Rex Racer, cuya muerte en una carrera ha dejado una meta que Speed siente la necesidad de cumplir. Speed siente una gran lealtad hacia el negocio familiar de las carreras llevado por su padre, Pops Racer (John Goodman), el diseñador del poderoso bólido Mach 5. Cuando Speed rechaza una oferta muy lucrativa y tentadora de las Industrias Royalton, no sólo hace enfurecer al maniático dueño de la empresa (Roger Allam), además, descubre un terrible secreto: algunas de las carreras más importantes están siendo manipuladas por unos desalmados empresarios. Si Speed no pilota para la escudería de Royalton, éste se va a ocupar de que el Mach 5 nunca cruce otra meta. La única manera de que Speed pueda salvar el negocio de la familia y el deporte que ama es ganando a Royalton en su propio