La historia gira en torno al protagonista Naoe Riki, un joven estudiante de la escuela secundaria. Cuando Riki era un niño, sus padres murieron, dejándole desesperado y deprimido. Fue salvado por un grupo de tres chicos y una chica, este grupo quien se refirió a sí mismo como el Little Busters, un grupo dedicado a luchar contra el mal y preservar la justicia. El líder del grupo Kyosuke Natsume que tenía una la hermana menor llamada Rin. Los otros dos miembros eran Inohara Masato y Kengo Miyazawa, que eran amigos a pesar de ser rivales. Vivirán aventuras y sucesos que marcaran su vida y que tendrán que afrontar.

Okazaki Tomoya, un estudiante de último año de secundaria, al cual la vida no le ha mostrado su mejor lado.Su familia solo la conforma él y su padre que es adicto al alcohol y al juego. De camino hacia la escuela conoce a Furukawa Nagisa y apartir de ese momento su vida cambia para mejor; conoce a más amigos los cuales cuentan sus problemas y Okazaki al darse cuenta que no solo el tiene problemas comienza a ayudarlos.

Yukito es un joven viajero que se gana la vida con un espectáculo de magia y marionetas y que recorre pueblos buscando a una chica alada que vive en el cielo, una historia que su madre le contaba de pequeño, cuando ella aún estaba viva. Un día llega a una pequeña población costera en la que conoce a Misuzu, una chica de la que pronto se hace amigo y que le acoge en su casa. Con el tiempo, Yukito conoce a otros peculiares personajes (todas son chicas, que se da a entender que sienten una atracción más allá de simples amigos por él), con los cuales va profundizando su relación.