El Gato con Botas es un gato mosquetero defensor de la justicia, condenado y perseguido por los suyos por ayudar a un ratón. Escapando a sus perseguidores conoce a Pedro, un joven huérfano a quien sus egoístas hermanos tratan de manera miserable. El Gato con Botas le ayuda a dejar atrás sus problemas y juntos parten en busca de aventuras. No tardan en encontrarlas.

El joven doctor Yasuoto regresa a su pueblo después de estudiar en Nagasaki, pero, en cuanto llega, sufre una gran desilusión: en lugar de ser nombrado médico del shogun lo envían a una clínica que cuenta con muy pocos recursos y está dirigida por un médico apodado «Barbarroja».