La historia de esta serie tiene lugar en un mundo en el que dos países, Alandas e Ingermia, han estado enfrentados durante mucho tiempo. Tokimune, un joven de la octava unidad independiente, salva a una chica llamada Jamie cuando estaba siendo atacada por las fuerzas enemigas y para sobrevivir pilota el arma Argevollen.

Siglos después de los acontecimientos de la Saga Brave, una tercera raza llamada Malva ha surgido junto a los Humanos y los Mazoku. Identificados por su sangre púrpura y su inmensa inteligencia, los malva son rechazados por las otras dos razas y son vistos como una amenaza para la paz del mundo. Habiendo experimentado este prejuicio de primera mano, una adolescente malva llamada Galette Revolt viaja para encontrar una forma de que todas las razas se entiendan jugando Battle Spirits. Sin embargo, otras facciones de cada raza pretenden mantener la paz/reformar el mundo por vías más nefastas...

En el año 70 de la era cósmica, la colonia espacial de Junius 7 es destruida por un ataque nuclear. Es así como empieza la guerra entre ZAFT (Zodiac Alliance for Fredom Treaty) un ejercito compuesto por los habitantes de las colonias, conocidos como coordinadores, humanos mejorados genéticamente, siendo más fuertes e inteligentes; y la alianza terrestre. Un año después los naturales, humanos sin modificaciones genéticas, inician la creación de Mobile Suits capaces de vencer a los Mobiles Suits de ZAFT, sin embargo son descubiertos. Kira un joven coordinador que vive en una colonia espacial de la nación neutral de ORB, vive la invasión y destrucción de su hogar por parte de ZAFT y descubriendo que su mejor amigo de la infancia, Athrun, se convirtió en un soldado de ZAFT. Kira decide proteger a sus amigos piloteando el Gundam, sin embargo eso significaría una cosa: tendrá que pelear contra los coordinadores, entre los cuales se encuentra Athrun.