Haven sigue a Audrey Parker, una joven agente del FBI que llega al pequeño pueblo de Haven, Maine para resolver el asesinato de un ex-convicto local. Poco tiempo después, su curiosidad innata la lleva al centro de toda la actividad en este curioso pueblo, que termina siendo un viejo refugio para personas con una amplia gama de habilidades sobrenaturales. Entre los habitantes más destacados encontramos al policía local Nathan Wuornos, que termina convirtiéndose en el compañero de Audrey; y al misterioso Duke Crocker.

Capitán Wolf Larsen, el famoso Sea Wolf que gobierna a la tripulación de su barco, el Ghost, con mano de hierro. Mientras está en alta mar, se enfrenta a un náufrago, el crítico literario Humphrey Van Weyden. Pero en lugar de dejarlo en el siguiente puerto, Larsen lo obliga a trabajar con su tripulación como grumete. El joven dandy tiene que luchar por su propia supervivencia en este nuevo y duro mundo a bordo. Pero su desafío más peligroso es el propio capitán, quien lo involucra en un juego malvado.