El año es 2047. Los Estados Unidos han sido devastados por la lucha contra el D2. Takt, el director de orquesta, y Destiny, la artista musical, viajan juntos a Nueva York. En un mundo sin música, Takt la añora. Mientras tanto, Musicart Destiny espera acabar con el D2.

Situado en la era Meiji, Kidou Shinsengumi Moeyo Ken cuenta la historia de Konsou Yuuko, Hijikata Toshie y Okita Kaoru. Ellas son las tres hijas de antiguos miembros de Shinsengumi y al igual que sus padres son llamadas para proteger Japón de sus problemas actuales. La mayor parte de su trabajo consiste en eliminar los sucesos paranormales cada vez mas frecuentes en Kioto y defender la ciudad de cualquier otro peligro surja.