Kyosuke está enamorado de la bella Aiko. Un día, la chica es tomada como rehén por unos atracadores de bancos, y Kyosuke se infiltra para salvar a su amada. A falta de una máscara, el joven ocultará su rostro bajo unas bragas. Esto activará el poder oculto de Kyosuke, que será capaz de derrotar a cualquier enemigo restregándole su entrepierna por la cara. Un nuevo superhéroe acaba de nacer.

Japón se hunde. Una serie de desastres naturales dan el primer aviso: terremotos, erupciones volcánicas, tsunamis... Los científicos auguran que el archipiélago se hundirá en cuarenta años, pero el siguiente pronóstico anuncia que el hundimiento tendrá lugar en 338 días. El primer ministro pacta realojamientos en China, pero sufre un atentado y el liderazgo recae en Saori Takamori, una de sus ministras y la esposa del líder de uno de los equipos científicos que estudian el desastre en primera línea, el profesor Tadokoro. Tadokoro y Saori deberán sellar las cicatrices de su divorcio para trabajar en equipo y dar con la mejor solución posible para evitar el clataclismo

Las noticias sobre la desaparición de las bragas siguen cubriéndose todos los días. Kyosuke todavía usa las bragas de Aiko Completo para luchar contra el mal. Mientras tanto, Aiko tiene emociones encontradas y decide recuperar sus bragas. Kyosuke sufre la pérdida de las bragas de Aiko y desaparece, pero su mayor enemigo hasta el momento está a punto de materializarse.

Takashi Aoyama (Asuka Kudo) tiene mucho trabajo por hacer y se esfuerza mentalmente demasiado. Se desmaya y se derrumba en una estación de ferrocarril. Cuando está a punto de ser atropellado por un tren, Yamamoto (Sota Fukushi) lo salva y habla con un dialecto de Osaka. Después de su encuentro con Yamamoto, Takashi recupera su brillante personalidad y obtiene mejores resultados en el trabajo. Un día, Takashi ve a Yamamoto subir a un autobús al cementerio con una expresión seria.

Simon habita en la aldea subterránea de Yeeha cavando túneles para expandir el pequeño mundo subterráneo al que ha sido condenado la humanidad. Un día, encuentra un minúsculo taladro que activa un pequeño robot y su mundo se viene literalmente abajo cuando irrumpe en él un monstruo gigante. Arrastrado a la superficie por su "hermano" Kamina, el apasionado líder de la brigada Gurren, ambos deciden rebelarse contra los hombres bestia que dominan la superficie con la ayuda de la exuberante tiradora Yoko. En su enfrentamiento contra todo tipo de robots gigantes exterminadores de humanos encontrarán numerosos aliados a los que inspirarán en el camino de la revolución.

Tras recomponerse de un duro golpe, Simon, Yoko y la Gran Brigada Gurren se preparan para la batalla final contra las fuerzas del Rey Espiral que decidirá el futuro de la humanidad. Pero, siete años más tarde,¿será ese futuro tal y como lo habían soñado? Atrapados bajo el peso de la responsabilidad de administrar el nuevo mundo, los miembros de la Brigada de aburren. Pero todo cambia cuando la primera nave a la Luna activa el plan de exterminio humano de los Anti Espirales. Cuando toda esperanza parece perdida, la Gran Brigada Gurren vuelve a los mandos de sus robots gigantes para librar una guerra a una escala sin precedentes y abrir un nuevo camino hacia el futuro.