Un joven boxeador y una prostituta quedan atrapados en un plan de tráfico de drogas durante una noche en Tokio.

Pokémon Ranger y el Templo del Mar es una fantástica aventura en la que se verán envueltos Ash y Pikachu cuando conozcan a Lizabeth y a Jackie: un Pokemon Ranger cuya misión es proteger el huevo de Manaphy para evitar que caiga en las manos de un malvado pirata empeñado en hacerse con él y apoderarse de los secretos que alberga el Templo del Mar. Su objetivo: dominar el mundo. ¿Lograrán nuestros amigos desbaratar sus planes y llevar a término la misión secreta de Jackie?

Un meteorito del espacio exterior se estrellará en la Tierra, en una gran zona de hielo. El Professor Lund y sus compañeros (incluyendo su hijo, Tory) saben que deben observar y estudiar los Pokémon en las zonas de hielo cuando el catastrófico meteoro se estrelle finalmente. De este desastre emerge un nuevo Pokémon, Deoxys. Pero, apenas hace su aparición, entra en batalla con otro Pokémon, Rayquaza, y el Professor Lund y Tory quedan atrapados en esta batalla climática entre estos dos titanes. Cuatro años después, Ash, Pikachu, y sus amigos llegan a la moderna ciudad de Larousse, listos para librar batallas en la famosa Torre de Batalla de la ciudad. Allí se encuentran con Tory, que se encuentra con todavía con miedo por su encuentro Pokémon anterior, y se mantiene apartado de ellos. Ahora, Ash y compañía tratarán de ayudar a Tory a perder su miedo a los Pokémon, y luego Deoxys reaparecerá... Séptima película basada en la saga Pokémon.

Ash y compañía llegan al pueblo de Rohta, donde la leyenda del héroe guiado por las ondas ha sido transmitida de generación en generación. Un festival se está celebrando en el castillo Oldoran en honor al Héroe Aaron, quien hace siglos detuvo una terrible guerra entre los "Rojos" y los "Verdes" (dos ejércitos Pokemon) usando el poder del árbol del Genesis. Entre los festejos, hay una especie de torneo Pokemon para decidir quien será el Héroe Guiado por las ondas del año, y Ash lo gana. Sin embargo, la alegría es interrumpida cuando Mew aparece de la nada y rapta a Pikachu.