Érase una vez un pescador que se enamoró a primera vista de una ninfa, cogió su velo y no le permitió regresar al Cielo. Al casarse con ella, sus descendientes consiguieron excelentes poderes mágicos. Ayashi no Ceres cuenta la historia de Aya Mikage y su hermano mellizo Aki. Cuando cumplen 16 años, Aki y Aya van a casa de su abuelo para celebrar el cumpleaños junto con el resto de la familia. En realidad, lo que quiere su familia es ver a Aya para comprobar si esta es la reencarnación de una diosa llamada Ceres, quien regresa reencarnándose en miembros de la familia (generalmente en las mujeres) para vengarse de la familia Mikage, puesto que Aki es la reencarnación de aquel hombre que le robó el velo sin el cual se vio forzada a casarse y a tener hijos.

Jiyu Nanohana es una colegiala ordinaria hasta que se encuentra con un samurai de 300 años que le dice que es la reencarnación de Yagyu Jubei. Con la ayuda de "Lovely Eyepatch", ella se transforma en el legendario espadachín cada vez que necesita usar su increíble habilidad de lucha, lo que debe hacer con bastante frecuencia, ya que un clan rival está decidido a conquistar a Yagyu para satisfacer un viejo rencor familiar.