La historia tiene como protagonista a Gon Freecss, un niño de doce años que desea encontrar a su padre a toda costa, por lo que decide convertirse en «cazador», justo como él, y de alguna forma hallar su paradero. A medida que avanza la historia, Gon se hace amigo de otros tres aspirantes a cazador: Leorio, Kurapika y Killua, quienes lo acompañarán en sus aventuras.

Toshi-chan y BB viven en una cabaña con una sábana azul a orillas del río Tama. Como llevan varios años viviendo allí, conocen la zona. Los dos recogen latas en el pueblo desde las 4 de la mañana y duermen a las 7 de la tarde para ahorrar dinero en electricidad por la noche. Aunque no tienen grandes ingresos, no les preocupa especialmente el dinero. Se despreocupan cada día y se enorgullecen de ser hombres sin hogar que pueden mantenerse a sí mismos. Nao, una joven actriz de una pequeña compañía de teatro, visita un día a Toshi-chan y BB. Va a interpretar a una heroína que tiene un gran romance con el líder de los vagabundos en su próxima actuación y pide entrevistarlos. Este es el comienzo de una larga noche para el trío...

Yu-Gi-Oh! 5D's se desarrolla en la Ciudad de Nueva Domino algún tiempo después de los hechos relativos a Yugi Muto y Jaden Yuki (posiblemente en el año 2021). Una nueva forma de duelo, "Turbo Duelo", (Duelo Montado) tiene lugar en motocicletas llamado "Corredores de Duelo" y utilizando la carta mágica de campo Mundo de Velocidad. Mientras que el duelo normal todavía existe, los Turbo Duelo se han convertido en una forma popular de entretenimiento para los espectadores que verlos en los estadios diseñados especialmente para esto parecidos a los estadios que La Corporación Kaiba posee.