La historia está protagonizada por el misterioso ladrón Joker, del cual se dice que no hay nada en el mundo que no pueda robar. Se dedica a robar un tesoro tras otro, usando lo que parecen trucos milagrosos.

Yu-Gi-Oh! 5D's se desarrolla en la Ciudad de Nueva Domino algún tiempo después de los hechos relativos a Yugi Muto y Jaden Yuki (posiblemente en el año 2021). Una nueva forma de duelo, "Turbo Duelo", (Duelo Montado) tiene lugar en motocicletas llamado "Corredores de Duelo" y utilizando la carta mágica de campo Mundo de Velocidad. Mientras que el duelo normal todavía existe, los Turbo Duelo se han convertido en una forma popular de entretenimiento para los espectadores que verlos en los estadios diseñados especialmente para esto parecidos a los estadios que La Corporación Kaiba posee.

La historia de "ciencia paranormal" sigue a nueve individuos idiosincrásicos, vinculados por el blog oculto "Choujou Kagaku Kirikiri Basara" dirigido por el estudiante de secundaria Yuuta Gamon de 17 años. Pequeñas incongruencias que ocurren alrededor de estos nueve eventualmente conducen a un evento más grande e inimaginable que puede alterar lo que se considera sentido común en este mundo.

La historia se sitúa en Ciudad Academia, una ciudad tecnológicamente avanzada localizada al oeste de Tokio que se especializa en el desarrollo de poderes psíquicos, pero también se sitúa en un mundo donde la magia es real. Touma Kamijou es un estudiante de instituto que posee en su mano derecha un misterioso poder llamado Imagine Breaker, el cual puede negar cualquier fenómeno sobrenatural ya sea psíquico o mágico, lo que también anula su propia buena suerte. Un día encuentra a una chica llamada Index colgada de su balcón. Ella es una monja que posee en su mente el Index Librorum Prohibitorum, el cual es una colección de 103.000 libros mágicos. Cuando los caminos de la ciencia y la magia se cruzan, esta historia comienza.

Se abrió una campaña de financiación colectiva para el 'Proyecto de historia conmemorativa de Digimon Adventure'. Fue por 5 cortos que incluían una precuela de la próxima película e historias paralelas sobre la vida diaria de los personajes de Digimon y sus compañeros, que son historias que no llegaron a la película.

Nöel se plantea porqué Tsakuya no es Patren 3gou en lugar de ser 2gou ya que es menor que Tsukasa. Ésta simple pregunta trae consigo una historia de cómo se desarrolló la historia hace unos años donde otro muchacho fue compañero de Keiichiro.