Una chica con una enfermedad terminal, Himari Takakura, es salvada de la muerte por la Princesa de Cristal, un extraño espíritu que reside en un sombrero con forma de pingüino. Sin embargo, a cambio de extender su vida, el espíritu encomienda a sus hermanos, Kanba y Shouma, buscar un objeto conocido como el Penguin Drum, con ayuda de un trío de extraños pingüinos.

The dragon sleeps under the ground of this land… It gives an abundant harvest on the land when sleeping, but brings a disaster when it is awake. In every decade or hundreds of years, the dragon moves its body as if it tosses about unconsciously. The movement becomes the distortion and causes impurity.

Gon Frecks, un niño de 12 años, vive con su tía Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, él es quien le dice que su padre Gin está vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.

Hace mucho tiempo, un lejano planeta llamado Kumalia explotó, dando lugar a una lluvia de meteoritos que cayó sobre la Tierra. Esto provocó que los osos se volvieran agresivos y atacaran a los humanos, quienes construyeron el Muro de la Extinción para protegerse de los osos. Años más tarde, dos osas, Ginko Yurishiro y Lulu Yurigasaki, se hacen pasar por humanas y acuden a la academia Arashigaoka, donde Ginko muestra interés por Kureha Tsubaki, una chica que odia a los osos.

Takeo Gouda es un gigante con un corazón grande. Todas las chicas que le han llegado a gustar siempre terminan declarándose a su mejor amigo Sunakawa, este por supuesto las rechaza. Acostumbrado a estar al margen, Takeo simplemente se da por vencido y acepta su destino. Pero un día cuando salva a una chica llamada Yamato de un acosador en el tren, su vida de repente toma un giro increíble.

Hope's Peak Academy es una escuela especial, reconocida por el gobierno, que se creó con el fin de reunir y formar a estudiantes de élite que destaquen en diversos campos. Esta escuela tiene dos cursos: El curso principal y el curso de reserva. Cualquiera que tenga dinero puede entrar en el curso de reserva, aunque no tenga ninguna habilidad especial. La clase 77 del curso principal está llena de estudiantes que no sólo tienen habilidades únicas, sino también personalidades únicas. Sin embargo, pocos sabían que un misterioso proyecto y la discriminación entre cursos estaban ocurriendo delante de sus narices. Hajime Hinata, un chico de la clase de reserva sin habilidades destacables, tendrá que buscar su lugar en el mundo y lidiar con las consecuencias inimaginables de Hope's Peak Academy.