Suzume, una joven chica de diecisiete años que vive en un pueblo tranquilo en la región de Kyushu, en el suroeste de Japón. La historia comienza cuando Suzume conoce a un misterioso joven que busca una 'puerta'. Los dos viajan juntos y encuentran una puerta vieja en una casa abandonada en las montañas. Como si algo tirara de ella, Suzume extiende su mano hacia la puerta, lo que comienza una serie de eventos desafortunados en todo Japón.

La historia gira en torno a Nishimi Kaoru, un estudiante de primer año de Preparatoria que tiene que mudarse a Sasebo, en Nagasaki, para vivir con sus familiares después de que su padre muera. Allí conoce a sus compañeros de clase, Kawabuchi Sentaro, que es temido por todos porque tiene aspecto de delincuente, y Mukae Ritsuko, que es amiga de la infancia de Sentaro. A través de ellos, se enamora del piano y las técnicas de jazz. Por otro lado, Kaoru se ve envuelto en un cuadrado amoroso, pues se enamora de Ritsuko, pero ella está enamorada de Sentaro, quien a su vez está enamorado de Fukahori Yurika, una estudiante de 2º curso.