Amigo se centra en Rafael Dacanay, cabeza del barrio de San Isidro, en una área arrocera de Luzón, Filipinas. Su hermano Simón, jefe de la guerrilla local, ha obligado a la Guardia Civil española a retirarse de su avanzada y encarga a Rafael que encarcele al Capitán de la guarnición y a un fraile español, el Padre Hidalgo, en nombre del gobierno revolucionario. Pero cuando el General Aguinaldo llegan, el oficial español y el Padre Hidalgo son liberados, una guarnición al mando del Teniente Ike Compton permanece para "proteger" el barrio. La política de ocupación estadounidense evoluciona de “corazones y mentes” a “concentración” (lo que se denominó “hamletting” durante la guerra de Vietnam) y Rafael tiene que responder tanto ante los americanos como ante los patriotas filipinos, con consecuencias mortales.

Después de su boda de ensueño, Popoy y Basha descubren que la vida de casados y emprender un negocio juntos supone un reto más grande de lo que imaginaban.

Nacido con genitales masculinos y femeninos, pero criado como un niño por su familia conservadora, Adam pasa por todas las cosas por las que pasan los niños preadolescentes, incluida la fascinación por los animales extraños que toma como mascotas y ser enamorado de una chica encantadora. Su mundo bucólico se pone patas arriba cuando tiene su primer período menstrual y lo inicia en un viaje que pone a prueba los límites espirituales y físicos de la identidad sexual y lo lleva a un nuevo mundo de ambigüedad y deseo.