La serie narra las aventuras de Manuel Lobo (Sancho Gracia), un abogado maduro, viudo y padre de tres hijas que se encuentra ante la tesitura de caminar por el filo de la ley para evitar que su hija pequeña, Lucía (Miryam Gallego), acabe en la cárcel por tráfico de droga. Sus otras dos hijas Carmen, juez instructora y Mara, médico forense, le ayudarán en su labor.

La sequía prolongada hace que el embalse de Campomediano se seque y emerja el pueblo que se inundó, muchos años atrás, para crearlo. Esta circunstancia propicia un hallazgo macabro: dos cadáveres momificados con heridas de bala. La inspectora Daniela Yanes y el periodista de investigación Óscar Santos sospechan que los cuerpos pudieran estar relacionados con las protestas ecologistas que se llevaron a cabo para evitar la creación del embalse. Sin embargo, el policía portugués Hélder viene con una misión secreta que podría aportar otro punto de vista: uno de los fallecidos podría ser el heredero de la fortuna Souza Cardoso, desaparecido muchos años atrás.

La serie está ambientada en España, alrededor del año 1660, durante el reinado de Felipe IV. Éste, según la ficción, había tenido a los dos protagonistas (Gonzalo de Montalvo y Hernán Mejías) como hijos de una mujer a la que sedujo, Laura de Montignac. Otra cosa que se representa en la historia es la vida del médico y noble Juan de Calatrava, duque de Velasco y Fonseca, Grande de España. Apenas se había descubierto la rotación de la Tierra y la circulación sanguínea, y la Ciencia ya era admitida por la Iglesia Católica. El lugar de ambientación es la Villa de Madrid. En 1656, la Villa de Madrid contaba con unos 125.000 habitantes, de los cuales los personajes que aparecen son unos de ellos.

Madrid, 1930. Matilde es una joven de familia humilde que vive con su madre, Rosario, y sus tres hermanos. Llega buscando trabajo al Salón de té La Moderna, uno de los cafés más elegantes de Madrid. Antes de entrar se encuentra con Iñigo, su amor de adolescencia, un joven al que no ve desde hace ocho años, cuando la trágica muerte del padre de Matilde interrumpió su recién nacida historia de amor. Iñigo es ahora un joven bien situado, mano derecha de don Jaime, uno de los empresarios más importantes de la ciudad. Entre los dos jóvenes vuelve surgir la pasión, pero Carla, mujer de Don Jaime y antigua novia de Iñigo, al que todavía no ha renunciado, no está dispuesta a permitirlo.

Tras asistir a un acto institucional junto a su esposa Ana Chantalle, el presidente del Gobierno Alberto Guzmán mantiene un encuentro íntimo con su jefa de comunicación, Paula Campillo, en la habitación de un hotel. La velada da un giro dramático cuando Alberto sufre un inesperado ataque al corazón, debido a que alguien ha puesto cianuro en la copa del primer mandatario del país. Se desata así una crisis de Estado en el que la pasión y la erótica del poder desatan una lucha de intereses personales que acaban convirtiéndose en secretos de Estado.

Tres agentes de eras diferentes trabajan para una institución secreta que protege el pasado contra los intrusos que viajan en el tiempo para cambiar la historia.