"Si Dios creó este mundo en 6 días, lo destruiré en 60 minutos y crearé un paraíso". De repente, aparece un hombre misterioso llamado S / Kamen Rider Eden, acompañado por miles de creyentes. Mientras tanto, se producen simultáneamente varios ataques terroristas a gran escala en todo el mundo. Mientras las personas caen una tras otra y el mundo está en confusión, Aruto Hiden se pone de pie para detener a S mientras Isamu Fuwa, Yua Yaiba, Gai Amatsu, Jin y Horobi luchan por aprender la verdad. ¿Qué significa S, que muestra una fuerza increíble, para el paraíso que está tratando de crear?

Ko es un estudiante de la década de 1980, se enamora de la delegada de la clase, un día decide deshacerse de su imagen de chico bueno (se da cuenta que le gusta recibir golpes), y se convierte en un chico malo. Se une a la banda de la escuela. Al parecer, todas las escuelas de su ciudad tienen las pandillas. Luchan por toda la ciudad y la policía y los profesores, nunca se involucran.

Los padres de Nishimori Aoi se mudaron a otra ciudad para trabajar, pero debido a que Aoi no quería trasladarse a una nueva escuela, decide quedarse vivir sola en un apartamento. Kugayama Shuusei es un estudiante muy popular y siempre ha rechazado las confesiones que le han hecho muchas chicas. Shuusei se muda al apartamento que está al frente de Aoi. Por una serie de incidentes, Aoi inunda la casa de Shuusei y tendrá que vivir con él por un tiempo.

Satoru Fujinuma es un impopular artista de manga. No le gusta socializar y trabaja como repartidor de pizzas. Él tiene una habilidad especial, "repetición". Su habilidad le permite retroceder en el tiempo antes que ocurran incidentes terribles y vuelve continuamente hasta que se evitan los incidentes. Hace 18 años, un caso de asesinato en serie se llevó a cabo y las víctimas son niños. Satoru Fujinuma se remonta a la época para atrapar al asesino y salvar también a su madre.

Mikako es una profesora joven de secundaria que acaba de ser transferida a una nueva escuela. Emocionada por comenzar un nuevo trabajo, se ofrece voluntaria para entrenar al club de voleibol masculino. Sin embargo, descubre que casi no hay actividad en el club... Sólo hay 5 miembros, y todos ellos son unos perdedores que ni siquiera han tocado una pelota de voleibol y sólo saben pensar en chicas. Para incentivarlos a que se esfuercen, ¡les promete que les mostrará las tetas si ganan un partido!