En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado "El Segundo Impacto", como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los "Ángeles" es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles". Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los "Ángeles" uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...

La historia está ambientada en la isla de Kyushu, en una pequeña ciudad de la prefectura de Nagasaki; a mediados de 1960. Nishimi Kaoru es un chico tímido e ingenuo con problemas para hacer amigos acostumbrado a cambiar de instituto constantemente a causa del trabajo de su padre. Sin embargo, el verano de 1966 promete ser diferente gracias a dos compañeros que entrarán inesperadamente en su vida: Mukua Ritsuki, la delegada de la clase, y Kawabuchi Sentaro, un muchacho desaliñado y problemático acostumbrado a andar todo el día saltándose las clases o metiéndose en peleas.

Chirico Cuvie es un antiguo piloto de las fuerzas especiales Armored Trooper y antiguo miembro del "Batallón Red Shoulder", una fuerza de robots de élite usada por la Confederación de Gilgamesh en su guerra contra la Unión Balarant. Ambas son naciones interestelares de la distante Galaxia de Astragius. Gilgamesh y Balarant estaban recientemente envueltos en una guerra galáctica de cien años cuya causa se olvidó hace tiempo. Ahora, la guerra está acabando y una frágil tregua se ha establecido. Chirico Cuvie es transferido de repente a una unidad comprometida en una misión sospechosa, y no sabe que él está ayudando a robar secretos de lo que parece ser su propio bando. Chirico es traicionado y dejado por muerto, pero sobrevive y es arrestado por el ejército de Gilgamesh bajo la acusación de traición. En esas circunstancias es torturado para revelar información. Chirico logra escapar y se desata contra él una persecución que se extiende a lo largo de toda la serie, con el ejército intentanto cazarlo y con otros personajes que buscan la verdad detrás de dicha operación. Chirico procura descubrir la verdad acerca de uno de los objetivos que le asignaron recuperar en esa operación: una mujer misteriosa y bonita, que se volvería su única pista para desenmascarar la conspiración.

El inspector Gesicht descubre que su vida también corre peligro cuando los siete robots más avanzados del mundo y sus aliados humanos son asesinados uno a uno.

El inspector Gesicht descubre que su vida también corre peligro cuando los siete robots más avanzados del mundo y sus aliados humanos son asesinados uno a uno.