Un grupo de científicos ha estado trabajando en un laboratorio secreto, tratando de crear el Pokémon más fuerte que exista. Para ello, han tomado ADN de una muestra de cabello fosilizada del legendario Pokémon Mew, utilizando el código genético de la evasiva criatura para crear a Mewtwo mediante la ingeniería biológica. Ignorantes del poder de su creación, los científicos y sus laboratorios son destruídos por Mewtwo cuando se despierta. Airado con sus creadores, Mewtwo jura vengarse del mundo...

Sakamoto y Mitobe son dos amigos que trabajan en un hotel de Tokio. Allí se encuentran con todo tipo de personajes que conviven sin conocerse entre sí.

Esta cinta de Pokemon es muy especial para los fans de la saga, pues es la primera en la cual Pikachu es el protagonista, o lo que es lo mismo, un hito dentro de la saga, aunque lo cierto es que no hay que ser fan de Pokemon para disfrutarla. En la cinta vemos a Ash, el entrenador de Pikachu y a sus amigos llegando a una especie de resort para Pokemon, un lugar en donde los Pokemon pueden estar libres y tranquilos, por lo que sus entrenadores se pueden relajar. Sin embargo, la tranquilidad no les dura mucho, pues enseguida oyen los llantos de Togepi, llantos que no deberían oírse en un lugar creado para que los Pokemon se sientan a gusto. Por eso, Ash, Pikachu y los demás se ponen a investigar, dando con la causa de los llantos: Raichu y su pandilla, los cuales no parecen muy dispuestos a que en el lugar reine la paz y la calma.