La neurocirujana Maggie Sullivan se reencuentra con su pasado después de que un escándalo la obligue a dejar atrás su vida profesional y personal en la ciudad.

Haven sigue a Audrey Parker, una joven agente del FBI que llega al pequeño pueblo de Haven, Maine para resolver el asesinato de un ex-convicto local. Poco tiempo después, su curiosidad innata la lleva al centro de toda la actividad en este curioso pueblo, que termina siendo un viejo refugio para personas con una amplia gama de habilidades sobrenaturales. Entre los habitantes más destacados encontramos al policía local Nathan Wuornos, que termina convirtiéndose en el compañero de Audrey; y al misterioso Duke Crocker.

Una decisión tomada en China en los años 60 trasciende el tiempo y el espacio, obligando a unos científicos a afrontar la peor amenaza para la humanidad en el presente.