Takaharu y compañía se encuentran viajando en un tren hacia un parque temático ninja cuando cosas extrañas comienzan a suceder. Cada una tiene su propio sueño donde son salvados por personas que nunca antes han visto, cuando se revela que se tratan de los Tokkyugers la aventura comienza para detener los planes de un enemigo fanático de los ninjas legendarios, pero con ideas malévolas. Un doble lleno de oscuridad será creado pero el real sufrirá para volver a tener sus poderes y allí evitar ser borrado.

Una escuela de una isla solitaria donde solo se reúnen los estudiantes que han causado problemas y la comunicación con el mundo está cortada. Homura Itsuki llega a la escuela como estudiante transferido. En la escuela, hay un grupo de estudio para el cruel drama francés del siglo XIX “Grand Guignol”, e Itsuki termina uniéndose a ese grupo de estudio. Además de los miembros del grupo de estudio, los profesores que los dirigen, el jefe de cocina, el misterioso nuevo profesor y otras personas que se reúnen en la escuela son algo sospechosos. Y finalmente ocurre un caso de asesinato en serie como “Grand Guignol”. En una isla aislada sin forma de escapar, Itsuki y sus amigos están atrapados en el vórtice del miedo a la muerte y el amor y el odio entre hombres.

Los Zyuohgers tratan de detener a Cube Condor a través del Rey Zyuoh. Sin embargo, la formación se rompe. El Rey Zyuoh es derrotado, causando que el Águila Zyuoh / Yamato se separe mientras que los otros Zyuohgers son capturados por Domidol.Misao encuentra un Yamato inconsciente mientras estaba pescando, y este último cuenta lo que sucedió antes: después de descubrir que varios Zyuman trabajaban para un circo, Yamato lleva a los Zyuohgers al circo pero el espectáculo es interrumpido por su cabecilla Domidol, quien secuestra a los niños espectadores en su "nave espacial/carpa de circo" para destruir la Tierra con la esperanza de crear un trapecio espacial gigante.

Yamato y compañía se disponen a pasar la tarde en un día de campo al lado del arroyo cuando son sorprendidos por unos ninjas muy particulares. Ellos son los Ninningers quienes han llegado allí para acabar con los llamados Zyuohger ya que han oído que éstos últimos estuvieron causando grandes atrocidades últimamente. Sin mediar discusiones se da la batalla entre ambas facciones, pero todo dependerá de un pequeño joven que traerá un mensaje desde el futuro para lo que vendrá luego con los nuevos héroes.

La lucha contra Genis y los Deathgalien ha terminado con la fusión entre el Mundo Humano y el Mundo de los Zyuman. Cada uno de los Zyuohgers sigue con su vida normalmente en éste nuevo mundo cuando son invitados a un torneo para encontrar al Campeón de la Tierra. Todo parece normal, pero cuando Bud aparezca para investigar, las cosas comenzarán a salirse de control.