El caos que se abate en el mundo humano parece deberse a yokais que han escapado del infierno y están provocando incidentes misteriosos por doquier. Preocupado, el Gran Rey Enma, decide darle a su sobrino Enma la tarea de acabar con esos yokais. Enma llega al mundo humano, acompañado por el viejo sombrero Chapeau, cuya experiencia y sabiduría no tiene igual, la princesa Yukiko, familia del prestigioso clan de las Mujeres de las Nieves, y Kappaeru, un yokai mitad sapo mitad kappa en quien se puede confiar para recopilar información. También se encuentra Drácula en el mundo humano, pero no sólo es un vago y no hace su trabajo correctamente, sino que también engaña a los yokais que se supone debe capturar y los controla a su antojo. Después de que Enma-kun reniegue de Drácula, se enfrenta a una serie de incidentes misteriosos y se hace líder de la Patrulla Yokai.

La historia se centra en Tetsuya Tsurugi, un chico huérfano que creció sin nadie más que Kenzo Kabuto, quien es el padre del piloto de Mazinger Z, Koji Kabuto.

La historia trata de un niño que acompaña a sus padres a hacer una investigación al ártico. Por desgracia el niño se queda atrapado en un iceberg a la deriva hasta que llega a una isla tropical. En la isla conocerá a distintos personajes como una sirena, un anciano delfín, una especie de loro, unos bichos que cuando llovía corrían con la boca abierta para beber el agua de lluvia y la razón por la que la serie se llame como se llama, Biniki, un ser rosa mitad plesiosaurio mitad pez. Tendrán que defender esta isla virgen de un malvado pirata