Sachi, Yoshino y Chika son tres hermanas que viven en Kamakura, Japón, en la casa de su abuela. Un día, recibirán la noticia de la muerte de su padre, que las abandonó cuando eran pequeñas. En el funeral conocerán a la hija que su padre tuvo 13 años atrás y pronto las cuatro hermanas empezarán a vivir juntas.

Yoshika, una empleada de oficina de 24 años, está secretamente enamorada de su excompañero de secundaria Ichi, pero luego su colega Ni le pide a a Yoshika que sea su novia. Ella está emocionada pero ambivalente, ya que es la primera vez que un chico la invita a salir en su vida. Así que decide organizar una fiesta de reunión para poder volver a Ichi. Yoshika se angustia por lo que siente por Ichi y por Ni y por pensar en la dicotomía entre ideales y realidad.

Como manda la tradición de las brujas, al cumplir los 13 años Nicky se ve obligada a abandonar su hogar durante un año entero para desarrollar al completo sus poderes y aprender a usarlos para ayudar a los demás. Montada en su escoba voladora y acompañada por su fiel gato Jiji, Nicky pondrá rumbo a Koriko, un pequeño pueblo costero donde vivirá increíbles aventuras y hará grandes amistades. Pero también tendrá que hacer frente a las dificultades de ser una bruja y tener poderes que la hacen diferente del resto de personas.

Al comenzar la secundaria, a Yoshioka Futaba le agradaba que Tanaka Ko fuera diferente a los demás. Pero luego, Ko desapareció y perdieron el contacto. Al finalizar el primer año, Futaba lo reencuentra, pero descubre que no solo su nombre ha cambiado a Mabuchi Ko, su personalidad dejó de ser la que era... La película está basada en el manga shojo de Sakisaka Io.

En un pequeño pueblo donde los niños han estado desapareciendo y los adultos cercanos a ellos, mueren de manera sospechosa tres días más tarde de la desaparición. La investigación sobre las desapariciones recae sobre el periodista local Shunya Ezaki que comienza a investigar las misteriosas muertes. Mientras tanto, la novia de Shunya Ezaki, Nahomi Harada, trabaja en una escuela de kindergarten. La madre de un niño no lo recoge en la escuela y Nahomi Harada lo lleva con ella. Entonces aparece un hombre misterioso y el niño bajo el cuidado de Nahomi pronto desaparece.