La historia tiene lugar en la Academia Shido, un internado para niños, y se centra en Hayama Takumi, un niño solitario y tímido que sufre de una fobia extrema al contacto humano y no soporta que los demás lo toquen. Durante su segundo año de estudios, Takumi tiene que compartir su habitación con Saki "Gii" Giichi. Gii se crió en el extranjero y es el ídolo de la escuela debido a su excelente rendimiento académico y su buena apariencia. Un día, Gui le confiesa a Takumi que ha estado enamorado de él durante algún tiempo. Esta verdad inquieta a Takumi, pero sin embargo, llega a darse cuenta de la verdadera sensibilidad de la personalidad de Gii.

Shigeru Daimonji , el Secretario de Defensa Nacional, ha ordenado a Yua Yaiba / Kamen Rider Valkyrie eliminar a Kamen Rider MetsubouJinrai . Mientras ella duda en actuar de acuerdo con esta directiva, el Jinete mismo pone la mira en Valkyrie. Mientras tanto, los ahora antiguos Solds intentan descubrir la libertad por primera vez sin ZAIA Enterprise , mientras se involucran en una guerra total contra AIMS . Isamu Fuwa / Kamen Rider Vulcan, que presenció personalmente el nacimiento de Kamen Rider MetsubouJinrai, investiga para descubrir su verdadero objetivo. ¿Cuál es el destino de Yua, que actúa por su propia justicia cuando se niega a luchar contra Kamen Rider MetsubouJinrai, los Solds e Isamu, que está decidida a llevar a cabo su misión final como Kamen Rider Vulcan?

"Si Dios creó este mundo en 6 días, lo destruiré en 60 minutos y crearé un paraíso". De repente, aparece un hombre misterioso llamado S / Kamen Rider Eden, acompañado por miles de creyentes. Mientras tanto, se producen simultáneamente varios ataques terroristas a gran escala en todo el mundo. Mientras las personas caen una tras otra y el mundo está en confusión, Aruto Hiden se pone de pie para detener a S mientras Isamu Fuwa, Yua Yaiba, Gai Amatsu, Jin y Horobi luchan por aprender la verdad. ¿Qué significa S, que muestra una fuerza increíble, para el paraíso que está tratando de crear?

El CEO de ZAIA Enterprise, Lyon Arkland, ha quitado a Jin de Metsuboujinrai.net. Naki e Ikazuchi vieron una gran cantidad de Humagears de tipo soldado "Vendidos" mientras rescataban a Jin. La intención de Lyon Arkland era producir "Vendidos" en masa y venderlos como armas en todo el mundo. Jin está indignado por el hecho de que los Humagears están a punto de ser utilizados como arma, y ​​les dice a los otros miembros de Metsuboujinrai.net que quiere liberar a los "Solds". Cuatro personas que se transforman en Kamen Riders lucharán por liberar a los "Solds". Sin embargo, sucedió algo inesperado ... ¿Qué le pasó a Jin, que fue capturado por Lyon? Según el plan de Lyon, el ser que representa la "mayor amenaza" para la humanidad está a punto de nacer de una manera sorprendente.