Después de pasar años apartados del mundo humano, los hermanos Tortuga se proponen ganarse el corazón de los habitantes de Nueva York y que les acepten como quinceañeros normales, llevando a cabo actos heroicos. Su nueva amiga April O'Neil les ayuda a enfrentarse a un misterioso sindicato del crimen, pero pronto se ven superados ante el ataque de un ejército de mutantes que se abalanza sobre ellos.

La comedia musical sigue a los cangrejos ermitaños que viven bajo el paseo marítimo de la costa de Jersey. Cuando Armen (un habitante de la ciudad cangrejo de tierra) se enamora de Ramona (una turista cangrejo de mar), aumentan las tensiones entre sus amigos y familias. Pero cuando una tormenta arroja al dúo lejos de casa, su amor les llevará a una aventura épica que unirá a la dividida comunidad.

Po se prepara para ser el líder espiritual del Valle de la Paz, buscando un sucesor como Guerrero Dragón. Mientras entrena a un nuevo practicante de kung fu, enfrenta al villano llamado "el Camaleón", que evoca villanos del pasado, desafiando todo lo que Po y sus amigos han aprendido.