La historia se centra en Tomoko Kuroki, una chica de preparatoria socialmente disfuncional desde que entró al bachillerato. La historia comienza cuando se da cuenta de que asistió a la preparatoria por tres meses sin hablarle a alguien. Sin embargo, ella es optimista acerca de sus posibilidades de revertir dicha situación y vivir una vida escolar plena.

Hitori Bocchi sufre de extrema ansiedad social, no es buena para hablar con la gente, toma acciones muy extremas, es sorprendentemente experta en evitar a las personas, sus piernas se aprietan cuando se esfuerza demasiado, se llena de sí misma cuando está sola, vomita cuando se la expone a una tensión extrema Y a menudo se le ocurren planes. Ahora ella está ingresando a la escuela secundaria y su única amiga, Yawara Kai, asiste a una escuela diferente. Esto deja a Bocchi solo, rodeado de nuevos compañeros de clase con los que debe hacer amigos antes de que Kai vuelva a hablar con ella.

Viviendo junto al mar, protegiendo el mar y viajando a través del mar... ¡Son las Sirenas Azules! Debido a un cambio en las placas tectónicas hace unos 100 años, Japón perdió gran parte de su área al sumergirse. Para preservar los territorios de Japón, surgieron ciudades costeras, una tras otra. Con el tiempo, se convirtieron en ciudades marinas y, junto con la expansión de las rutas marítimas para conectarlas, surgió la necesidad de contar con un personal considerable para proteger los mares. Al mismo tiempo, los trabajos marítimos se estaban volviendo más populares entre las mujeres. Por lo tanto, las Sirenas Azules, encargadas de mantener los mares seguros, se habían convertido en el trabajo soñado de todas las estudiantes. Aquí es cuando las amigas de la infancia Akeno Misaki y Moeka China se inscriben en una escuela secundaria marina en Yokosuka, junto con otras chicas que comparten su objetivo de convertirse en una sirena azul.

Yuna tiene quince años y prefiere quedarse en casa y jugar de forma obsesiva a su juego VRMMO favorito a hacer cualquier otra cosa, incluso ir al instituto. Cuando una nueva actualización extraña le da un DLC en forma de oso que viene con unas abrumadoras habilidades, Yuna casi se desmaya, el atuendo es superlindo, pero demasiado vergonzoso para usar en el juego. Sin embargo, de repente se encuentra dentro del juego, combatiendo monstruos y con magia de verdad, ¡y el traje de oso se convierte en la mejor arma que tiene!

Hitori Bocchi sufre de extrema ansiedad social, no es buena para hablar con la gente, toma acciones muy extremas, es sorprendentemente experta en evitar a las personas, sus piernas se aprietan cuando se esfuerza demasiado, se llena de sí misma cuando está sola, vomita cuando se la expone a una tensión extrema Y a menudo se le ocurren planes. Ahora ella está ingresando a la escuela secundaria y su única amiga, Yawara Kai, asiste a una escuela diferente. Esto deja a Bocchi solo, rodeado de nuevos compañeros de clase con los que debe hacer amigos antes de que Kai vuelva a hablar con ella.