La historia se desarrolla en la ciudad de Minami Shimabara, en la prefectura de Nagasaki, el origen de los Rebeldes de Shimabara, que aterrorizaron a todo Japón a inicios del periodo Edo. También es el lugar donde el estudiante de tercer año de secundaria, Shirou, pasa sus días con sus compañeros. Un día de verano, la amiga de la infancia de Shirou, Akane, regresa desde Tokio a Minami Shimabara. Ambos dan un paseo por la ciudad con otro amigo, Tokiya. Mientras los tres comparten recuerdos y sentimientos complejos, una misteriosa criatura llamada Goron aparece ante ellos. Este encuentro marcará el inicio de una serie de eventos que involucrarán a toda la ciudad…

La historia se desarrolla en la ciudad de Minami Shimabara, en la prefectura de Nagasaki, el origen de los Rebeldes de Shimabara, que aterrorizaron a todo Japón a inicios del periodo Edo. También es el lugar donde el estudiante de tercer año de secundaria, Shirou, pasa sus días con sus compañeros. Un día de verano, la amiga de la infancia de Shirou, Akane, regresa desde Tokio a Minami Shimabara. Ambos dan un paseo por la ciudad con otro amigo, Tokiya. Mientras los tres comparten recuerdos y sentimientos complejos, una misteriosa criatura llamada Goron aparece ante ellos. Este encuentro marcará el inicio de una serie de eventos que involucrarán a toda la ciudad…

Hikaru era un estudiante de secundaria que vivía una vida ordinaria. Un día, se encuentra con un brazo mecánico muy fuerte e inteligente llamado "Mecha-ude". Después de un extraño giro de los acontecimientos, el "Mecha-ude" comenzó a vivir dentro de la sudadera de Hikaru y la vida de los dos está llena de problemas. Mientras el niño y su "Mecha-ude" luchan juntos y fortalecen sus vínculos, los dos también se encuentran con nuevos amigos que también luchan junto con cada uno de sus propios socios únicos "Mecha-ude".

La corriente vida de secundaria de Hikaru se transforma radicalmente cuando conoce a Alma, una entidad alienígena parecida a una extremidad mecánica conocida como Mecha-Ude. Alma, miembro de una rara especie, huye de un misterioso grupo que persigue a los de su especie en busca de aquel que posee un poder sin igual. A petición del grupo de la resistencia, ARMS, esta extraña pareja se embarcará en un peligroso viaje para salvar a los Mecha-Ude.