Haven sigue a Audrey Parker, una joven agente del FBI que llega al pequeño pueblo de Haven, Maine para resolver el asesinato de un ex-convicto local. Poco tiempo después, su curiosidad innata la lleva al centro de toda la actividad en este curioso pueblo, que termina siendo un viejo refugio para personas con una amplia gama de habilidades sobrenaturales. Entre los habitantes más destacados encontramos al policía local Nathan Wuornos, que termina convirtiéndose en el compañero de Audrey; y al misterioso Duke Crocker.

La serie tiene lugar en un mundo en el que los superhéroes representan el lado oscuro de la celebridad y la fama. Un grupo de vigilantes que se hacen llamar "The Boys" decide hacer todo lo posible por frenar a los superhéroes que están perjudicando a la sociedad, independientemente de los riesgos que ello conlleva.