FLCL sigue a Naota Nandaba, un niño de doce años que vive en el suburbio japonés ficticio de Mabase, y sus interacciones con Haruko Haruhara, que llega al tranquilo suburbio, atraída por las casas industriales de la ciudad y el edificio de Medical Mechanica. Tsurumaki ha dicho que intentó "romper las reglas" del anime al hacer FLCL, por ejemplo, eligiendo una banda japonesa contemporánea para la banda sonora, y modelando el estilo más bien a partir de "un anuncio de televisión japonés o un vídeo promocional", creando una obra "corta, pero llena de densidad".

El honesto y leal Kamiyama ha ido a parar al conflictivo Instituto Cromartie, donde todo el mundo es un delincuente. Como es de esperar, pasará a ser el jefe de su clase, debido a la lógica invertida de que sólo un conejito realmente duro se atrevería tranquilamente a estar entre una manada de leones. Así empieza una historia que parodia cada uno de los tópicos del anime de "tipos duros" hasta límites insospechados. Ah, y Freddie Mercury también sale.