Okazaki Tomoya, un estudiante de último año de secundaria, al cual la vida no le ha mostrado su mejor lado.Su familia solo la conforma él y su padre que es adicto al alcohol y al juego. De camino hacia la escuela conoce a Furukawa Nagisa y apartir de ese momento su vida cambia para mejor; conoce a más amigos los cuales cuentan sus problemas y Okazaki al darse cuenta que no solo el tiene problemas comienza a ayudarlos.

La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la "Shinda Sekai Sensen" (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.

Yukito es un joven viajero que se gana la vida con un espectáculo de magia y marionetas y que recorre pueblos buscando a una chica alada que vive en el cielo, una historia que su madre le contaba de pequeño, cuando ella aún estaba viva. Un día llega a una pequeña población costera en la que conoce a Misuzu, una chica de la que pronto se hace amigo y que le acoge en su casa. Con el tiempo, Yukito conoce a otros peculiares personajes (todas son chicas, que se da a entender que sienten una atracción más allá de simples amigos por él), con los cuales va profundizando su relación.

Personajes queridos de Kanon, Air, Clannad, Little Busters! y Rewrite entran en un mundo mezclado para comenzar el año escolar juntos.