Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto y no sólo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.

Un adolescente comienza a plantearse las preguntas que le llevan a sospechar de la existencia de Matrix. Un día, entabla contacto con Neo en un chat...

Directamente de los creadores de la revolucionaria trilogía de Matrix, esta colección de cortos de animación de los principales directores de anime del mundo, fusionan gráficos por ordenador y el anime japonés para ilustrar los antecedentes del universo de Matrix y el conflicto entre el hombre y las máquinas. Los cortos son: El último vuelo de Osiris, El Segundo Renacimiento, Historia de Niños, Programa, Récord mundial, Más allá, Una historia de detectives y Matriculado.

Quedan veinte horas para la irrupción de las máquinas en Sión, el último bastión de los humanos libres. Mientras el cuerpo de Neo permanece en coma, su consciencia se encuentra en tierra de nadie, en un lugar entre el mundo humano y el de las máquinas.