Hubo un tiempo en el que el ser humano acabó con todas las criaturas mágicas. Excepto con una. Koichi Uehara es un estudiante que vive en los suburbios de Tokyo. Un día recoge una gran piedra que resulta ser la carcasa de un bebé "Kappa" (una criatura del agua perteneciente a la mitología japonesa) que ha estado viviendo bajo tierra durante los últimos 300 años y decide llamarle "Coo". Koichi y Coo se harán grandes amigos y comenzarán a vivir en familia. Sin embargo, Coo no logra adaptarse al estilo de vida de Tokyo y empieza a echar de menos a su familia. En un caluroso día veraniego, Koichi y Coo deciden embarcarse en una aventurera búsqueda de los padres de éste último.

Summer Wars está protagonizada por el joven Kenji Koise, gran amante de las matemáticas y la informática, que tras quedar eliminado a primeras de un concurso de matemáticas a principios de verano se verá con todo el verano por delante y sin nada que hacer. Hasta que la chica más popular del instituto, Natsuki Shinohara, le invitará a pasar las vacaciones a su pueblo con su familia. La razón es que pretende hacer pasar a Kenji por su novio debido a una promesa realizada a su bisabuela. Pero las cosas se complicarán al día después de la llegada de los jóvenes, y tendrán que enfrentarse a una fabulosa aventura en un mundo de fantasía junto al resto de la familia comandados por la abuela.