Después de ser reconocida a lo largo de todo su camino escolar, Yukino Miyazawa ha llegado a la escuela preparatoria para seguir con su trayectoria de perfección de una estudiante brillante, hermosa y humilde. Aunque en realidad es egoísta, vaga y caprichosa reconociendo que su comportamiento en la escuela es una gran farsa. Empezado el año Yukino se encontrará con un rival: Sōichirō Arima, un apuesto joven de una familia rica con exelentes calificaciones. Yukino dedicará todo su esfuerzo a superarlo, pero cuando éste confiesa que está enamorado de ella lo rechaza sin miramientos y se jacta de ello en casa. Sin embargo, Sōichirō descubre descubre su verdadera personalidad y utiliza esa información para chantajearla para que haga su trabajo dentro del consejo estudiantil.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado "El Segundo Impacto", como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los "Ángeles" es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles". Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los "Ángeles" uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...

Takaya Noriko es una chica que sueña con ser piloto espacial, al igual que su padre, que fue almirante de las Fuerzas Espaciales y falleció durante un combate en el espacio exterior contra los monstruos espaciales, los mayores enemigos de la humanidad. Así pues, Noriko ingresa en la escuela superior femenina de pilotos espaciales de Okinawa, donde tendrá que demostrar su valía.

Hisone Amakasu, recién llegada a la Fuerza de Autodefensa Aérea, es elegida por un dragón escondido en la base aérea de Gifu para que sea su jinete.

Hisone Amakasu, recién llegada a la Fuerza de Autodefensa Aérea, es elegida por un dragón escondido en la base aérea de Gifu para que sea su jinete.

Hace cien años, los titanes atacaron y diezmaron a la humanidad. Para sobrevivir, esta se recluyó en grandes ciudades amuralladas, creyendo que estaría segura para siempre. Pero, cien años después de aquel ataque, un titán colosal hace su aparición en una de las urbes, destruye el parapeto y permite que sus congéneres menores devoren de nuevo a los hombres. El Cuerpo de Exploradores, al que pertenece Eren Jaeger, deberá enfrentarse a ellos y contraatacarlos, para que la humanidad pueda vivir de nuevo en paz.

Hisone Amakasu, recién llegada a la Fuerza de Autodefensa Aérea, es elegida por un dragón escondido en la base aérea de Gifu para que sea su jinete.

FLCL sigue a Naota Nandaba, un niño de doce años que vive en el suburbio japonés ficticio de Mabase, y sus interacciones con Haruko Haruhara, que llega al tranquilo suburbio, atraída por las casas industriales de la ciudad y el edificio de Medical Mechanica. Tsurumaki ha dicho que intentó "romper las reglas" del anime al hacer FLCL, por ejemplo, eligiendo una banda japonesa contemporánea para la banda sonora, y modelando el estilo más bien a partir de "un anuncio de televisión japonés o un vídeo promocional", creando una obra "corta, pero llena de densidad".

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado "El Segundo Impacto", como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los "Ángeles" es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles". Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los "Ángeles" uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...

La historia se desarrolla en un instituto (Academia Honnoji) donde los estudiantes tienen uniformes (uniformes última) que aumentan sus habilidades y dependiendo de la cantidad de fibras vitales se catalogan mediante estrellas (10% 1 estrella, 20% 2 estrellas, 30% 3 estrellas). La presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryūin, impone las reglas por la fuerza con ayuda de los cuatro Devas. Sin embargo, una estudiante de intercambio llamada Ryuko Matoi se la encuentra en su camino, empuñando una espada de tijera y un uniforme escolar fabricado 100% de fibras vitales al que bautiza como Senketsu (sangre fresca). Ryuko reta continuamente a Satsuki para saber la verdad de quien es el asesino de su padre, siendo que tras varios intentos fallidos Satsuki le promete que si derrota a todos los presidentes de los clubs, tendrá un enfrentamiento contra ella y le dará una respuesta.

Un grupo de fantasmas se ha mudado a la ciudad de Daten, tomando como ventaja la avaricia humana. Dos ángeles, Panty y Stocking, fueron enviadas desde el cielo para eliminarlos, aunque mejor dicho, las expulsaron del cielo por mala conducta

La revolución industrial ha terminado y el mundo está siendo consumido por una nueva tecnología y nuevas máquinas. Un joven científico, Jean, ve a una guapísima chica de color mientras se encuentra en Francia, la sigue y termina metiéndose en problemas. Mientras tanto, una mujer y sus dos matones están tras el amuleto de la chica, llamado Piedra Azul. La chica, Nadia, escapa con Jean. De esta forma, los dos intentarán evitar que los malvados se apoderen del amuleto, los cuales están dirigidos por un hombre llamado Gargoyle, que quiere el amuleto de Nadia para causar una catástrofe mundial.