Segunda Guerra Mundial (1939-1945). Cefalonia (Grecia), 1940. El doctor Iannis (John Hurt) vive en las afueras del pueblo con su hija y alumna Pelagia (Penélope Cruz), la prometida de Mandras (Bale), un pescador que participa en la contienda contra los italianos. Pasan los meses y Pelagia no recibe respuesta a las numerosas cartas que le ha enviado a su novio. Cuando el ejército italiano ocupa Cefalonia, los soldados, que se toman su estancia en la isla como unas vacaciones de verano, se ganan muy pronto la confianza de los nativos, gracias a su alegría, su música y sus ganas de vivir. A cambio de suministros médicos, el doctor Iannis acepta alojar en su casa al capitán Corelli (Nicolas Cage), un hombre lleno de amor por la vida, por la música y por Pelagia..

Año 33 de nuestra era. En la provincia romana de Judea, un misterioso carpintero llamado Jesús de Nazareth comienza a anunciar la llegada del "reino de Dios" y se rodea de un grupo de humildes pescadores: los Apóstoles. Durante siglos, el pueblo judío había esperado la llegada del Mesías - personaje providencial que liberaría su sagrada patria e instauraría un nuevo orden basado en la justicia-. Las enseñanzas de Jesús atraen a una gran multitud de seguidores que lo reconocen como el Mesías. Alarmado por la situación, el Sanedrín, con la ayuda de Judas Iscariote, uno de los doce Apóstoles, arresta a Jesús. Acusado de traición a Roma, Cristo es entregado a Poncio Pilato, quien, para evitar un motín, lo condena a a morir en la cruz como un vulgar criminal.

En el mundo del futuro, un régimen estricto ha eliminado las guerras al haber superado las emociones. Los libros, el arte y la música están totalmente prohibidos, y los sentimientos se consideran un crimen castigado con la pena de muerte. El clérigo John Preston (Christian Bale) es un agente de élite del gobierno, responsable de combatir aquellos que osen desafiar las reglas. Cuando pierde una dosis de "Prozium", una droga que altera la mente para ocultar sus emociones, toda su escala de valores cambiará de manera súbita.