En el planeta mecánico de Cybertron viven superorganismos robóticos conocidos como Transformers. Allí entran en conflicto el ejército de convoyes de Transformers con sus viejos enemigos, los Destron, para hacerse con una nueva fuente de poder; una nueva raza de Transformers conocidos como Microns. Pero de duelo por la batalla, los Microns se van a la otra punta del universo. Cuatro millones de años después, en la Tierra, tres jóvenes activan un misterioso panel que se halla dentro de una cueva, que resulta ser un Micron dormido...

El médium Yoh Asakura participa en un torneo que se celebra cada 500 años. Allí debe enfrentarse a varios rivales para convertirse en el todopoderoso rey de los chamanes.

Estamos en el periodo Heian. Mientras la inestabilidad política se manifestaba en forma de hambre y epidemias, la cultura de los nobles de la corte estaba a punto de alcanzar su máximo esplendor. Al mismo tiempo, los que cargaban el peso de la ley, eran aquellos que estaban experimentados con la creación del calendario, y que presidían sobre los asuntos de la corte, los Onmyouji. Por otro lado, los guerreros, que espoleaban a sus caballos y manejaban hábilmente sus arcos y espadas, exhibieron un alto grado de poder durante el avasallamiento de las familias regionales dirigentes y mostraron signos de emerger como una nueva fuerza armada. Con este fondo histórico, nuestra historia sucede en el año 973 D.C., en la tierra de Hitachi. Minamonoto no Hikaru toma el papel de su hermano mayor, Raiko, y parte junto a su sirviente Tsuna en búsqueda de las Magatamas, joyas que guardan un gran poder en su interior, para así salvar a la capital y a su hermano de las epidemias y enfermedades. A partir de ahí, múltiples altercados y conspiraciones rodean la historia de los protagonistas. A partir del capítulo 14, la historia da un giro y se desarrolla en el Tokio actual. Sin embargo, sigue manteniendo relación son el primer arco, así que hay que verlo para comprender todo completamente.