Genji, un joven adolescente hijo del jefe de un clan mafioso, decide demostrar a su padre que es capaz de ponerse al cargo del negocio familiar. Para hacerlo, intentará conseguir lo que nunca nadie consiguió, ni siquiera su propio padre: convertirse en el dueño y señor del Instituto Masculino de Suzuran, el peor y más peligroso centro estudiantil del país. Una vez llega al Instituto, Genji descubre los complicados entresijos que se mueven dentro: numerosos grupos enfrentados los unos con los otros pelean entre sí para conseguir dominar al resto, y proclamarse los reyes de Suzuran. Si Genji quiere hacerse con el control primero tendrá que conseguir un gran grupo de aliados para poder hacer frente al gran enemigo, la única persona que está a su altura y es capaz de arrebatarle el puesto: Tamao Serizawa

"Crows II" continúa la historia donde terminó "Crows-Zero": el último curso en el instituto Suzuran se acerca a su fin para Genji y sus compañeros. Aún así, los problemas para el instituto de los Cuervos no han hecho más que empezar. Genji sigue obsesionado con vencer a Rindaman aunque todos sus intentos terminen en derrota, para alegría del grupo de Serizawa. Mientras Makise, Izaki y Chuta intentan convencer a Genji para que lo deje correr, un peligro aún mayor que Rindaman empieza a forjarse a las puertas del instituto; los alumnos del instituto Hosen, enemigo natural de Suzuran, se preparan para cumplir la venganza que llevan planeando desde hace dos años cuando Noboru Kawanishi, entonces líder de Suzuran, asesinó a Makio Bito, líder de Hosen. Genji demostró ser el más fuerte de Suzuran, pero... ¿podrá dominar a todo el instituto y erigirse como el líder que derrotará a Hosen en la nueva guerra que acaba de estallar?