Félix es un niño de 12 años que está convencido de que su padre, desaparecido en el mar hace dos años, sigue con vida. Un día decide salir en su búsqueda acompañado por Tom, un marinero retirado; Squak, un loro pirata; y Rover, un gato que se comporta como un perro. Su aventura les lleva hasta la isla de Darkshadow, donde encuentran una ciudad subterránea secreta en la que reina Morgäa, una tirana que guarda un increíble secreto.