Una raza alienígena se propone invadir la Tierra, pero se encuentran con la resistencia de Gamera, a quien deciden someter para tenerlo a su servicio. Para ello secuestran a dos niños a los que la tortuga había protegido y así consiguen implantarle un controlador para que obedezca todas sus órdenes. Gamera comienza a atacar Japón sin que nadie pueda evitarlo.

Durante una exposición se descubre bajo tierra una estatua sagrada. Su remoción causa la aparición de Giger, una salamandra gigante. Ahora la tortuga gigante Gamera deberá defender al mundo de esta terrible amenaza.