Tras una serie de terremotos, el reino submarino de Seatopia envía a Megalon, un escarabajo gigante, y al robot Gigan para destruir el mundo de la superficie. En un intento por detenerlos, el inventor Goro recupera a Jet Jaguar, un robot con pensamiento independiente que había sido robado, y lo manda para que traiga a Godzilla y que éste participe en la lucha.

Japón y Rusia chocan en lo que se conoció como la Guerra Ruso Japonesa. Un intento de flota y el ejército japonés para tomar el puerto de Arthur falla, y una flota rusa surca en el mar de Japón. El almirante Heihachiro Togo envía su flota a combatir a los rusos, con resultados que merman a las 2 naciones. Mientras tanto, el mayor Genjiro Akashi negocia secretamente con los revolucionarios bolcheviques, negociaciones que tienen repercusiones mas allá del conflicto en sí.

Después de la detonación de las bombas atómicas de Hiroshima y Nagasaki, el ejército japonés y el gobierno se enfrentan por la demanda de los aliados de la rendición incondicional. El Ministro de Defensa Anami defiende el continuar luchando, hasta la muerte del último japonés si hace falta. El Emperador Hirohito se reune con sus ministros para solicitar la impensable rendición pacífica del Japón. Cuando el ejército planea un golpe para derrocar al gobierno civil del Emperador, Anani debe decidir entre sus deseos o su lealtad al Emperador.