Megazone 23 se desarrolla en un futuro distante, a principios del siglo 24. En esta época, varios problemas ambientales hicieron que la Tierra fuera inhabitable. Los humanos empezaron a abandonar la tierra en gigantescas colonias espaciales llamadas Megazones. La animación se enfoca en los habitantes de la colonia Megazone 23 (de ahí el nombre)

Pocos días después de vencer a Kagato todo vuelve a la normalidad. Ryoko encuentra Mihoshi y Sasami lee un manga shojo en donde les dice que son guías para encontrar la manera de ganar un chico terrestre. Así, Ryoko decide tratar de utilizar las ideas del manga para ganar Tenchi. Ayeka se entera de lo que está haciendo y también comienza a usar el manga para ganar a Tenchi.

Akemi ha creado un terrible montruo con sus ordenadores. Su blanco favorito de sus venganzas son... Sus profesores.

Debido a que los Cybertrons (Autobots) se encontraban en desventaja contra los Destrons (Decepticons), empezaron a construir en una base secreta el la poderosa arma Scramble City, bajo la supervisión del comandante de la base, Ultra Magnus, con esta nueva arma, los Cybertrons podrán tomar la delantera, mientras Megatron ordena a Soundwave que envié a sus cassetes, para que averigüe que están escondiendo o construyendo los Cybertrons en esa base, Ravage, Lazerbeak y Ratbat, se dirigen a la zona, donde se confrontan con Blaster, quien logra detener a Ravage y Lazerbeak, pero Ratbat mientras logra meterse en la base y descubrir el plan de los Cybertrons. Soundwave reporta a Megatron, lo que sucede en la base, y envía a los Constructicons para que destruyan toda la base y el proyecto, Starscream, Skywarp y Thundercracker también se dirigen a la zona, Convoy (Optimus Prime)se da cuenta que los Destrons se dirigen hacia la base secreta...

Durante el periodo de guerra entre estados o Sengoku, un ronin llamado Nanashi, que significa "sin nombre", salva a un niño llamado Kotarou y a su perro Tobimaru en un templo abandonado. Kotarou no tiene familia y es perseguido por una misteriosa organización militar de China, por lo que contrata a Nanashi como guardaespaldas. Nanashi, que ha abandonado su nombre junto a su pasado, ha "sellado" su espada debido a un suceso pasado por el que es atormentado en forma de pesadillas. El encargado de perseguir a Kotarou es un hombre llamado Rarou, que pertenece a la organización de origen chino y que esta bajo las ordenes de un anciano llamado Byakuran, aunque, a diferencia de sus compañeros, Rarou no posee un concepto de "Rey" y solo busca luchar contra el más fuerte.