En noche buena, un virus es intercambiado en Rusia. La persona intercambiando dicho virus, Maya (Kichise Michiko), viaja a Japón para liberarlo. El alias; "Bloody Monday". La agencia de inteligencia busca a Takagi Fujimaru (Miura Haruma), estudiante de escuela superior y pirata informático, para que los ayude a controlar dicha amenaza.

Un investigador y la hija de su mentor descubren un cadáver mientras están de vacaciones y trabajan juntos para resolver los misterios de lo que se convertirá en un caso de asesinato en serie.

Arata Hoshino es un estudiante universitario perezoso, que no cree en trabajar por su futuro, o poner esfuerzo en el. Arata Hoshino entonces recibe un programa “diario del futuro” en su nuevo teléfono móvil que predice todo lo que le va a pasar. Conoce a Furusaki Yuno, una chica con un oscuro pasado que está enamorada de él y estará dispuesta a todo por ayudarlo. Los dos se ven envueltos en un juego de supervivencia en el que solo puede haber un ganador, y ambos empiezan a luchar contra Deus y su programa “Mirai Nikki Live Action”.

2B es una unidad que participa en una misión que tristemente sale mal y eliminan a todo su equipo. Ella intenta seguir con su misión, donde conoce a 9S.