El agente Ethan Hunt, acusado de un atentado terrorista con bombas contra el Kremlin, es desautorizado junto con toda la organización, al poner en marcha el presidente el llamado 'Protocolo fantasma'. Abandonado a su suerte y sin recursos, el objetivo de Ethan es rehabilitar el buen nombre de su agencia e impedir un nuevo ataque. Pero emprende esta misión con un equipo formado por fugitivos, cuyos motivos personales no conoce bien.

En 1939, el diplomático checo Jan Masaryk huye a los Estados Unidos para escapar de su pasado reciente: Alemania ha invadido Checoslovaquia y ahora es un hombre sin nación; porque, como embajador checoslovaco en Londres, no logró ganarse el apoyo de los británicos y no pudo evitar la caída de su país y el estallido de la Segunda Guerra Mundial.