Brave Story narra la historia de Wataru, un niño de diez años que se introduce en un mundo fantástico llamado Vision, donde inicia la búsqueda de la Diosa del destino, para que le conceda un deseo que le sirva para salvar la vida de su madre moribunda...

Kitaro es mitad humano, mitad criatura que vigila a la sociedad humana para salvarla de los malvados ataques de otro mundo. Descubre que una bola mágica que controla todos los poderes ha sido traída al mundo humano y evita que caiga en las manos equivocadas.

Las mujeres jóvenes desaparecen una tras otra bajo la llovizna. Todos escuchan la “canción maldita” de Cage Song antes de desaparecer en el aire. Kitaro y sus amigos investigan estos misteriosos casos cuando conocen a Kaede Hiramoto, una chica de secundaria que se ve involucrada en este misterio. Con la ayuda del bibliotecario de la Biblioteca Yokai, descubren que la maldición fue causada por un Yokai malvado que fue liberado de 1000 años de sellado. Para salvar a Kaede, deben reunir los 5 instrumentos musicales antiguos y realizar el ritual para sellar al malvado Yokai nuevamente, ¡lo cual debe realizarse dentro de 48 horas!

El estudiante universitario Takeshi Hongo es secuestrado en la organización terrorista Shocker (Reino Evolutivo Sagrado de la Hegemonía del Ciclo), a manos de un Inhumanoide Cyborg conocido como el Murciélago. Allí, se somete a una dolorosa cirugía reconstructiva, convirtiéndolo en un inhumanoide. A diferencia de la serie original, él no escapa antes del condicionamiento mental de Shocker, y se convierte en uno de sus soldados, apodado "Hopper". Hongo recibe sus órdenes: matar a los que han visto a los soldados inhumanoides de Shocker. Sin embargo, de lo que no se da cuenta es de que los dos testigos son el periodista que lo había entrevistado antes de su secuestro. Atacando a los dos junto con el soldado Shocker Spider, es aquí donde Hongo recuerda su humanidad y tiene una epifanía con respecto a lo que debe hacer.