Una misteriosa Imagin aparece buscando algo que nadie sabe. Ryoutarou y Momotaros lo enfrentan pero salen heridos. Ahora nadie puede hacerle frente excepto Koutarou con su querido amigo Teddy. La lucha será difícil y un contrato expirará para pasar a otro dueño que le cambiará el nombre a un Imagin. Mientras una abuela pasa a tener dos nietas en una situación muy extraña. Los lazos de amor, compañerismo y el deseo de ver a alguien que ya no está se harán presentes.

Sakurai-san ha elegido sacrificar su vida para que Airi pudiera tener un futuro. Mientras tanto Yuuto, quien debería ser ese hombre del cual se enamorase la hermana de Ryoutarou no parece ser la persona ideal ya que no hay amor entre ellos. Ésto es algo que le preocupa a Deneb por lo que intentará un par de planes nada convencionales. En el medio el Den-Liner será un tren sin rumbo alguno por la aparición de un Imagin misterioso.

Momotaros y compañía se encuentran rastreando a un misterioso Imagin cuando se dan cuenta que todo fue un plan para llegar a Ryoutarou y robar el Den Liner. El ladró resulta ser Kaitou Daiki, el rider ladrón mejor conocido como Kamen Rider Diend. Su plan es viajar al pasado para ir a un viejo asalto de su época más joven. Este viaje nos llevará a un niño que no conoció a su madre guardando un gran rencor, el valor de los tesoros y un final con muchas lágrimas cerrando un ciclo.

El DenLiner ha sido robado por unos imagins y su líder, Gaou, quien pretende encontrar la Linea de Dios para poder controlar el tiempo y para ello necesitará del Tren de Dios. Ryoutarou y Hana no llegan a abordar el DenLiner, y luego en la tienda de Airi se encuentran con un joven Roytarou. Cuando Momotaros escapa del tren secuestrado intenta poseer al Ryoutarou grande, pero termina poseyendo al pequeño. En ese momento Yuto aparece y les dice que es debido a que el joven ha perdido la memoria con respecto a Momotaros y compañía. Ahora todos deberán perseguir a Gaou para quitarle el DenLiner y derrotarlo antes de que cumpla con su malévolo plan. *Ubicada entre los episodios 27 y 28

Ryoutarou y compañía han creado la Policía DenLiner con la cual resuelven los crímenes que han ocasionado los Imagins. Ahora una extraña investigación involucra a una llamada Organización del Mal, la cual está liderada por un Imagen quien manda por sobre otros de su misma especie además de los Fangire, una especie de monstruos que han comenzado a aparecer hace poco. Momotaros y los demás deberán descubrir detrás de qué está la organización y cuando todo marche mal necesitarán la ayuda de un nuevo héroe. *Ubicada luego del final de la serie

La historia tiene lugar después de los acontecimientos de la serie,Momotaros y Kohana salen de la DenLiner por un día a visitar a Ryotaro y Airi después de su despedida como consecuencia de su batalla con Kai. Sin embargo, ven un tren fantasma misterioso.