Un escuadrón del ejercito japones es transportado por un fenómeno atmosférico hacia el pasado, a una época antigua donde los samurais dominaban Japón. Tendrán ahora que adaptarse y luchar por sus vidas en una tierra en la que la lucha entre clanes era salvaje y cruel.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

En la segunda mitad del siglo XVI había muchos jefes militares con hambre de poder, todos ellos a cual más sanguinario buscaban someter a su propia soberanía al país entero. Uno de los más crueles era Hideyashi. Ordena a su comandante enviar al poblado a Monachi para destruir su clan y el magnífico grupo de Guerreros Ninja, obteniendo así uno de los mejores tesoros del Gran Japón. Sólo un niño queda con vida de la gran matanza, sólo un niño que volverá diez años después, convirtiéndose en el terror de Hideyoshi.

Dos organizaciones con poderes paranormales, ESPY y CONTRAESPY estan enfrentadas. La primera, defensora de la paz mundial; la segunda con el más increíble plan de destrucción de la humanidad. Esta última después de asesinar a un comité de las Naciones Unidas, pretende asesinar a un primer ministro de un país de Europa Oriental. A partir de este momento las dos organizaciones se suman en ataques y contraataques para asesinar o para salvar al primer ministro, utilizando para ello sus poderes telepáticos y telekinéticos.

Ochô, una muchacha de la era Meiji, presencia el asesinato de su padre, y años después lleva a cabo su venganza, teniendo tres cartas ensangrentadas como única pista para encontrar a los culpables. Ese mismo año se rodó la secuela, "Female Yakuza Tale".