Dos guerreros samurai rivales están lejos de ser amigos, pero sus caminos se cruzan cuando se embarcan en una búsqueda con Fuu, una camarera, para encontrar un misterioso samurai.

Una noche de tormenta, Nangou está jugando un juego de Mahjong con la yakuza local. Pronto, él se encuentra en una racha perdedora. Si Nangou pierde, tendrá que pagar con su vida. De pronto, un joven, Akagi Shigeru, en barcazas, empapado por la lluvia. Después de ver un par de juegos, ofrece para sustituir la lucha Nangou. Ese es el momento en que la leyenda nace.

Un territorio misterioso, poblado por humanos temerosos de su único depredador, los "yomas". Para poder hacerles frente, se ven forzados a recurrir a algo igual de temible, unos seres creados con poderes sobrenaturales capaces de encontrarles y matarles, mujeres mitad humano mitad yoma, de bellos ojos plateados de mirada profunda, las llaman "Brujas de ojos plateados" o simplemente "Claymore". Sólo se subordinan a "La Organización" y su única regla inquebrantable es no matar humanos jamás. Una de ellas, Clare, conoce a un joven interesado en seguirla, Raki, quien se convertirá en el ser más valioso para ella. En su travesía, Clare encontrará nuevas aliadas e irá descubriendo las horribles verdades que hay detrás de "La Organización" y deberá luchar por su vida y su venganza personal.