Durante la ocupación de Bagdad en 2003 por tropas estadounidenses, al subteniente Roy Miller (Matt Damon) y a su equipo les encargan la misión de recorrer el desierto en busca de armas de destrucción masiva supuestamente almacenadas allí. Registran escondite tras escondite, a cual más peligroso, pero en vez de letales agentes químicos, descubren un elaborado plan que cambia el propósito de su misión. Rodeado de agentes con objetivos contradictorios, Miller debe abrirse camino entre una maraña de espías en un país desconocido mientras intenta encontrar respuestas que quizá sirvan para salvar a un gobierno o para extender la guerra en una región muy inestable. No tardará en descubrir que, en un momento difícil y en una región explosiva, el arma más difícil de encontrar es la verdad.

La sombra de la guerra sigue a un veterano con problemas de la guerra de Irak cuando se ve obligado a perseguir a uno de los suyos en el desierto del Pacífico Noroeste para finalmente enfrentar un crimen de guerra que los ha perseguido a ambos.