Natsume es un chico que ha tenido una vida difícil desde pequeño, puesto que puede ver espíritus llamados Youkai, un buen día algunos de esos espíritus empiezan a atacarle pidiéndole "El Libro de los Amigos" éste libro, es un diario que le dejó su abuela Reiko que también podía ver los espíritus perfectamente. Ésta fue quien encerró el nombre de muchos de los Youkai, impidiendo así que pudiesen ser libres. Natsume, junto con su amigo y guardaespaldas, decidirá ayudar a los Youkai y liberarlos devolviéndoles su nombre.

La historia se sitúa en Ciudad Academia, una ciudad tecnológicamente avanzada localizada al oeste de Tokio que se especializa en el desarrollo de poderes psíquicos, pero también se sitúa en un mundo donde la magia es real. Touma Kamijou es un estudiante de instituto que posee en su mano derecha un misterioso poder llamado Imagine Breaker, el cual puede negar cualquier fenómeno sobrenatural ya sea psíquico o mágico, lo que también anula su propia buena suerte. Un día encuentra a una chica llamada Index colgada de su balcón. Ella es una monja que posee en su mente el Index Librorum Prohibitorum, el cual es una colección de 103.000 libros mágicos. Cuando los caminos de la ciencia y la magia se cruzan, esta historia comienza.

Makoto Itou es un estudiante de secundaria que se ha enamorado de una chica que vió en el tren, su nombre es Kotonoha Katsura. Makoto se sienta en clase al lado de Sekai Saionji, quien se da cuenta de su amor por Kotonoha y decide ayudarle a conquistarla. Sekai consigue unirlos, pero se da cuenta de que a ella también le gustaba Makoto y en la parada del tren, antes de marcharse le besa. La historia trata sobre éste triángulo amoroso y demás historias de los compañeros de clase.

Makoto Itou es un estudiante de secundaria que se ha enamorado de una chica que vió en el tren, su nombre es Kotonoha Katsura. Makoto se sienta en clase al lado de Sekai Saionji, quien se da cuenta de su amor por Kotonoha y decide ayudarle a conquistarla. Sekai consigue unirlos, pero se da cuenta de que a ella también le gustaba Makoto y en la parada del tren, antes de marcharse le besa. La historia trata sobre éste triángulo amoroso y demás historias de los compañeros de clase.

En el siglo XIX, en un mundo habitado por vampiros, gólems, hombres lobo y otras criaturas sobrenaturales, Aya Rindo es una belleza inmortal con cabeza pero sin cuerpo. Acompañada por Tsugaru Shinuchi, un cazador de demonios mitad humano, mitad demonio, y su fiel sirvienta, Shizuku Hasei, viaja por Europa resolviendo misterios sobrenaturales mientras busca su cuerpo perdido.