La historia es sobre dos mejores amigas, Chocolat Meilleure y Vanilla Mieux, quienes son jóvenes brujas de el Mundo Mágico. Ellas han sido elegidas para competir en un concurso para ver quien puede colectar mas corazones de chicos humanos. Con la ayuda de Rockin' Robin, su mentor y tutor y dos familiares, las competencia se inicia para ver quien se convertirá en la siguiente Reina de el Mundo Mágico. Sin embargo, los problemas comienza a fraguarse en el camino de las dos candidatas a reina de Pierre, un muchacho frío y misterioso, comienza a ganarse el corazón de Chocolat y comienza a usar de ella y de Vainilla a su propio antojo. Ahora,ambas atrapadas dentro de sus propias nuevas metas, las dos brujas deberán luchar su camino y conservar una amistad que ninguna magia puede derrotar

Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro no pueden ser más diferentes. Nagisa es una chica deportista y Honoka una amante de los libros, y aunque asisten a la misma escuela tienen poco en común. Hasta que un día, una lluvia de estrellas fugaces trae a sus vidas a dos curiosos visitantes: Mippuru y Meppuru, refugiados del Jardín de la Luz, que ha sido conquistado por la Oscuridad. Dotadas de nuevos y estupendos poderes, Nagisa y Honoka se convierten en Cure Black y Cure White, defensoras mágicas de la Luz - juntas, son Pretty Cure.

La serie inicialmente se centra en tres cures: Love Momozono, Miki Aono y Inori Yamabuki, que se transforman en Cure Peach, Cure Berry y Cure Pine respectivamente. Su misión es defender este mundo y otros mundos paralelos de Laberinto.

FLCL sigue a Naota Nandaba, un niño de doce años que vive en el suburbio japonés ficticio de Mabase, y sus interacciones con Haruko Haruhara, que llega al tranquilo suburbio, atraída por las casas industriales de la ciudad y el edificio de Medical Mechanica. Tsurumaki ha dicho que intentó "romper las reglas" del anime al hacer FLCL, por ejemplo, eligiendo una banda japonesa contemporánea para la banda sonora, y modelando el estilo más bien a partir de "un anuncio de televisión japonés o un vídeo promocional", creando una obra "corta, pero llena de densidad".

La historia tiene como protagonista a una familia en la que ambos padres son unos científicos locos, donde tanto el hermano como la hermana son humanos modificados llamados “criaturas”. Los miembros de esta peculiar familia pretenden convertirse en una familia “normal”.

No hay mucho que destacar del lascivo Ataru Moroboshi, pero su extraordinaria mala suerte sobresale como los cuernos de la cabeza de un alienígena. Cuando la Tierra se ve amenazada por una flota de invasores alienígenas conocidos como los Oni, Ataru es seleccionado para representar a la humanidad en un duelo contra uno de ellos. Para Ataru es un golpe de suerte que el duelo sea en realidad jugar al pilla-pilla y que su oponente sea Lum, hija del líder de los Oni, que antepone su dignidad personal a la victoria, como descubre Ataru al apoderarse de la parte superior del bikini de Lum y, con ella, de la victoria.

No hay mucho que destacar del lascivo Ataru Moroboshi, pero su extraordinaria mala suerte sobresale como los cuernos de la cabeza de un alienígena. Cuando la Tierra se ve amenazada por una flota de invasores alienígenas conocidos como los Oni, Ataru es seleccionado para representar a la humanidad en un duelo contra uno de ellos. Para Ataru es un golpe de suerte que el duelo sea en realidad jugar al pilla-pilla y que su oponente sea Lum, hija del líder de los Oni, que antepone su dignidad personal a la victoria, como descubre Ataru al apoderarse de la parte superior del bikini de Lum y, con ella, de la victoria.

En el año 2002, el antiguo miembro del equipo de gimnasia masculino japonés Shoutarou Aragaki ya no puede competir. A pesar de que entrenaba intensamente todos los días, su entrenador Amakusa le pregunta sobre su retiro. Sin embargo, cierto encuentro altera el destino de Aragaki.