La protagonista de la historia, Amu Hinamori, es una estudiante en la Primaria Seiyo. A primera vista, sus compañeros se refieren a ella como "genial y picante" y rumores se especulan sobre su vida personal. Sin embargo, su verdadera personalidad es la de una chica muy tímida que tiene problemas para mostrar su verdadera personalidad. Una noche, Amu desea tener el valor de mostrar sus "supuestos" sí. A la mañana siguiente se encuentra con tres huevos de colores-rojo, azul y verde-en su cama. Al principio, ella se alarma, pero se da cuenta que realmente deseo el poder de cambiar. Estos huevos eclosionan en tres personajes guardianes: Ran, Miki y Su. Los personajes guardianes ayudaran a Amu a descubrir quien es ella verdaderamente y cumplir sus sueños.

Cuenta la historia de la callada e introvertida Chise. Una chica de instituto que se ha enamorado de Shuji, un confiado y arrogante atleta. Ambos van al mismo instituto de Hokkaido, pero es Chise la que toma la iniciativa y le pide salir a Shuji. Ambos nos darán una historia fuerte, romántica que se intensifica cuando Japón entra en guerra. Pero Chise tiene un secreto, uno tan oscuro, tan terrible que puede amenazar no solo su relación con Shuji, si no también su vida, la de él y la de todo el país. Chise no es una chica normal, ella es el arma definitiva para la destrucción masiva, un robot diseñado para el uso militar. Y cuando va al la batalla todos entran en pánico, incluidos sus propias tropas.

Después de haber sufrido numerosas guerras interestelares, la humanidad por fin se ha unido. Sin embargo aún hay muchas disputas y guerras entre los mismísimos miembros de la unión. Para resolver estas disputas, se crea una organización secreta conocida como GOTT ("Galactic Organization of Trade and Tariffs", lo que viene a significar "Organización Galáctica de Comercio y Tarifas"), que se dedica a entrenar agentes con poderes especiales para mantener el orden. Los agentes Eclair y Lumiere son dos chicas con asombrosas habilidades, que son asignadas como compañeras. Juntas, a medida que van luchando, van descubriendo más y más sobre la organización para la que trabajan. Al final, nada es lo que parece...

Kyoko Mogami esta enamorada de su amigo de la infancia y estrella pop-rock Sho Fuwa...ella lo acompaña a Tokyo para que él realice su sueño de convertirse en una estrella. Kyoko trabaja muy duro para pagar la renta del edificio en el que viven (aunque Sho es bastante famoso ya, así que casi nunca esta ahi) y limpia, etc. Un dia Kyoko se entera que Sho sólo la estuvo usando, que para él ella no significa nada. Entonces Kyoko decide vengarse, pero para eso necesitará convertirse en una estrella para así poder humillarlo y llevar a cabo su venganza contra el. Además, como si esto fuera poco, gracias a Sho Kyoko perdió la creencia en el amor, sentimiento muy importante para ser parte del mundo del espectáculo.

Amano Yukiteru, un estudiante de 2º año de secundaria, es un chico solitario e introvertido que gasta todo su tiempo escribiendo un diario en su teléfono. Su único amigo es un producto de su imaginación, Deus Ex Machina, el Dios del Tiempo y el Espacio. Un día, este Dios le da al diario de Yukiteru la habilidad de ver lo que sucederá en los siguientes 90 días en el futuro y enrola a Yukiteru en un juego de supervivencia donde deberá luchar por su vida contra los poseedores de otros diarios similares.

La fantasía oscura sigue a un estudiante de segundo año de secundaria llamado Akihito Kanbara. Aunque el niño parece humano, es medio Youmu e invulnerable a las heridas porque puede curarse rápidamente. Un día, Akihito se encuentra con la estudiante de primer año Mirai Kuriyama cuando parece que está a punto de saltar desde la azotea de la escuela. Mirai está aislada debido a su capacidad para manipular la sangre, que se considera una herejía entre los miembros del mundo espiritual. Los eventos perturbadores comienzan a desarrollarse después de que Akihito salva a Mirai.

Cada temporada de Kamen Rider presenta una historia diferente con personajes y tramas independientes, aunque todas siguen un esquema similar. El protagonista suele ser un motorista que por diversos medios, la mayor de las veces tecnológicos y a veces mágicos o combinación de ambos según la temporada, se transforma, siempre utilizando la frase Henshin ("transformación") en un superhéroe llamado Kamen Rider con un traje blindado y una máscara que generalmente está decorada recordando a un insecto.En unas temporadas hay un solo Kamen Rider, mientras que en otras hay dos o más, habiendo algunas que presentan más de diez Riders diferentes. Estos Riders luchan contra enemigos diversos o incluso a veces entre ellos. Los poderes del Kamen Rider siempre tienen un origen estrechamente relacionado con los villanos, pero usa esos poderes para el bien en lugar de para el mal, y esta relación se convierte en fuente de conflictos argumentales según la temporada.

Situado en la era Meiji, Kidou Shinsengumi Moeyo Ken cuenta la historia de Konsou Yuuko, Hijikata Toshie y Okita Kaoru. Ellas son las tres hijas de antiguos miembros de Shinsengumi y al igual que sus padres son llamadas para proteger Japón de sus problemas actuales. La mayor parte de su trabajo consiste en eliminar los sucesos paranormales cada vez mas frecuentes en Kioto y defender la ciudad de cualquier otro peligro surja.

La historia se encuentra en un mundo paralelo donde Japón no privatiza sus líneas de ferrocarriles nacionales. Naohito Takayama es una gran chica de la escuela publica que sueña con un futuro cómodo trabajando para los top-rated de la compañía japonesa de Ferrocarriles Nacionales. A este se le asigna como aprendiz en el cuerpo de las Fuerzas de Seguridad de los Ferrocarriles Nacionales, llena de personajes extraños como Sakurai, una alborotadora que odia a los hombres. Además de eso, un grupo extremista denominado "RJ" lucha para privatizar las líneas de Ferrocarriles Nacionales de Japón

La historia tendrá lugar en una isla, donde el Sistema Fractal ha empezado a colapsar. Un día, Clain encuentra en un precipicio a una chica herida, llamada Phyrne. Ella desaparece dejando un pendiente. Clain y el avatar con forma de niña, Nessa, inician un viaje para Phyrne y descubren el secreto del Sistema Fractal.

Nichijou se centra principalmente en las travesuras diarias de un trío de chicas amigos de la infancia de la preparatoria Mio Naganohara, Yuko Aioi y Mai Minakami-cuyas historias se entrelazan en breve con el joven genio Hakase Shinonome, su robot cuidador Nano y su gato que habla Sakamoto. Con cada día que pasa, la vida de estos seis, así como de las muchas personas que les rodean, experimentan tanto las calmas de la vida normal y la demencia de lo absurdo. Caminando a la escuela, ser mordido por un cuervo hablando, pasar tiempo con amigos, y ver al director suplex un ciervo: todos ellos están en un día de trabajo en las extraordinarias vidas diarias de los de Nichijou.

Yukito es un joven viajero que se gana la vida con un espectáculo de magia y marionetas y que recorre pueblos buscando a una chica alada que vive en el cielo, una historia que su madre le contaba de pequeño, cuando ella aún estaba viva. Un día llega a una pequeña población costera en la que conoce a Misuzu, una chica de la que pronto se hace amigo y que le acoge en su casa. Con el tiempo, Yukito conoce a otros peculiares personajes (todas son chicas, que se da a entender que sienten una atracción más allá de simples amigos por él), con los cuales va profundizando su relación.

Yukito es un joven viajero que se gana la vida con un espectáculo de magia y marionetas y que recorre pueblos buscando a una chica alada que vive en el cielo, una historia que su madre le contaba de pequeño, cuando ella aún estaba viva. Un día llega a una pequeña población costera en la que conoce a Misuzu, una chica de la que pronto se hace amigo y que le acoge en su casa. Con el tiempo, Yukito conoce a otros peculiares personajes (todas son chicas, que se da a entender que sienten una atracción más allá de simples amigos por él), con los cuales va profundizando su relación.

Tsumiki es una chica de instituto bastante tsundere que está enamorada de Io, un chico especialmente serio. La relación entre ambos es algo complicada, ya que aunque todos sus amigos ven muy obvios los sentimientos que tiene Tsumiki hacia Io, él no parece darse cuenta. La historia se centra por tanto en la relación entre estos dos personajes, y el resto de compañeros de clase, cada cual más particular.

Miniserie de 2 OVAs.

Takeo Gouda es un gigante con un corazón grande. Todas las chicas que le han llegado a gustar siempre terminan declarándose a su mejor amigo Sunakawa, este por supuesto las rechaza. Acostumbrado a estar al margen, Takeo simplemente se da por vencido y acepta su destino. Pero un día cuando salva a una chica llamada Yamato de un acosador en el tren, su vida de repente toma un giro increíble.

Tachibana Junichi es un chico de segundo año de secundaria que odia la fiesta de Navidad por una mala experiencia amorosa, pero este año tendrá una oportunidad para ligar a la chica mas popular de la secundaria. La historia del anime se organizará en un formato general, cada heroína tendrá su propia historia, y cada heroína cantara su propia versión del tema de apertura y cierre.

Lucky Star narra la historia de cuatro chicas que empiezan su segundo año de preparatoria en el instituto. Entre otras cosas, muestra las divertidas apreciaciones de una chica otaku, llamada Konata Izumi con sus otras tres amigas las cuales no están muy metidas en el mundo del anime y los videojuegos. En realidad, todos los personajes demuestran un punto cómico distinto, que concluye con una forma entretenida y divertida de ver las cosas que, de una forma o de otra, suelen pasar en el mundo real, haciéndo al espectador identificarse en varios momentos de la serie.

Lucky Star narra la historia de cuatro chicas que empiezan su segundo año de preparatoria en el instituto. Entre otras cosas, muestra las divertidas apreciaciones de una chica otaku, llamada Konata Izumi con sus otras tres amigas las cuales no están muy metidas en el mundo del anime y los videojuegos. En realidad, todos los personajes demuestran un punto cómico distinto, que concluye con una forma entretenida y divertida de ver las cosas que, de una forma o de otra, suelen pasar en el mundo real, haciéndo al espectador identificarse en varios momentos de la serie.